生物信息学教育部重点实验室于2002年获教育部批准开始建设，2005年通过验收，2010年参加教育部重点实验室评估取得“良好”成绩，2016年评估取得“优秀”成绩。

       目前实验室主任为邓海腾教授，副主任为张学工教授、龚海鹏研究员、鲁志研究员。学术委员会由11位国内著名专家组成，主任为陈润生院士。包括生物学、医学、生物化学、生物物理、信息学、计算机等多个领域的专家，有中科院院士6人。

        实验室立足基础生物科学，加强合作创新，坚持学科交叉，创建信息平台，培育高端人才。综合现代信息和生物技术，以联系的、进化的、系统的观点探索重要生命现象的内在规律以及复杂疾病的发生机制。

        实验室主要有五个研究方向：蛋白质结构与功能信息学和药物靶标发现研究、系统生物学（相互作用、网络、通路）的理论与分子机制研究、复杂疾病的系统生物学研究、microRNA及表观遗传与基因调控系统研究、后基因组时代多角度的功能基因组信息学研究。

        目前实验室有固定成员34人，来自清华大学生命学院、自动化系和信息学院等相关领域的专家、学者组成的跨学科、跨院系的实验室。包括中科院院士1人，国家自然科学基金委杰出青年基金获得者10人，国家自然科学基金委优秀青年基金获得者5人。