2016-2020年期间，生物信息学教育部重点实验室共主持和参加自然科学基金委、科技部、北京市、国际合作与企业合作各类科研项目 218 项，其中国家科技重大专项 5 项；973计划课题 9 项；863计划项 4 项；重点研发计划 26 项；创新群体 2 项；杰出青年基金 5 项；面上项目 42 项；重点项目 10 项；重大研究计划 12 项；优秀青年基金 4 项。