张强锋

张强锋
张强锋 研究员

清华大学生命科学学院

个人简历:  

2000年         中国科学技术大学学士学位

2006年         中国科学技术大学计算机科学博士学位

2012年         哥伦比亚大学生物化学和分子生物物理博士学位

2012-2015年    分别在哥伦比亚大学、斯坦福大学进行博士后研究工作

2015年         清华大学研究员

主要科研领域及方向:         

研究方向是计算和高通量实验相结合的结构系统生物学(Structural Systems Biology)。通过深入分析蛋白质局部三维结构在全结构空间的相似相关性, 发展了基于结构的蛋白相互作用粗粒度建模和在全基因组水平上重构蛋白互作网络的准确有效算法(Nature 2012, PNAS 2010)。张强锋博士并且发展了利用酶切或者小分子探针,并结合下一代测序(Next Generation Sequencing)的方法来测定细胞外或细胞内 RNA结构的高通量实验方法(Nature 2014,Nature 2015),实验结果从全转录组水平揭示了RNA结构是如何影响其功能的,以及RNA结构如何可能和疾病关联。张强锋博士还参与了蛋 白-RNA相互作用实验检测方法的研发与验证,该方法为研究RNA特别是非编码RNA功能和调控作用提供了有效手段。

张强锋博士最近的研究兴趣是使应用这些结构系统生物学方法研究蛋白质-RNA相互作用的机制及有效预测,非编码RNA的结构、功能及进化,以及疾人类病特别是癌症和由RNA病毒引起的传染病的分子机理和有效治疗手段。

代表论文:     

Flynn RA*, Zhang QC*, Spitale RC*, Lee B, Mumbach MR, and Chang HY. (2015) icSHAPE: Transcriptome-wide interrogation of RNA secondary structure in living cells. Nature Protocol. (In press, *Co-first authorship).

2. Spitale R*, Flynn RA*, Zhang QC*, Pete Crisalli, Byron Lee, Jong-Wha Jung, Hannes Y. Kuchelmeister, Pedro J. Batista, Eduardo A. Torre, Eric T. Kool, and Chang HY. (2015) Structural imprints in vivo decode mechanisms of RNA regulation. Nature. 519 (7544): 486-90. (*Co-first authorship)

3. Chu C, Zhang QC, Texira S, Bharadwaj M, Calabrese M, Magnuson T, Heard H and Chang HY. (2015) Developmentally regulated and modular assembly of Xist RNA binding proteins coordinate chromatin silencing. Cell. 161 (2): 404-16.

4. Wan Y*, Qu K*, Zhang QC, Manor O, Ouyang Z, Zhang J, Snyder MP, Segal E and Chang HY. (2014) Landscape and variation of RNA secondary structure across the human transcriptome. Nature, 505 (7485), 706-9.

5. Zhang QC, Petrey D, Garzon J, Deng L, and Honig B. (2013) PrePPI: A structure-informed database of protein-protein interactions. Nucleic Acids Research, 41:D828-33.

6. Zhang QC*, Petrey D*, Deng L, Qiang L, Shi Y, Chan AT, Bisikirska B, Lefebvre C, Accili D, Hunter T, Maniatis T, Califano A, and Honig B. (2012) Structure-based prediction of protein- protein interactions on a genome-wide scale. Nature, 490 (7421): 556-560 (*Co-first authorship)

7. Zhang QC*, Deng L*, Guan J, Honig B and Petrey D. PredUs: a web server for predicting protein interfaces using structural neighbors. (2011) Nucleic Acids Research, 39: W283-87.

 8. Zhang QC, Petrey D, Norel R, and Honig B, Protein interface conservation across structural space. (2010) Proceedings of the National Academy of Sciences, 107(24): 10896-109.  

联系方式:           

清华大学生命科学学院

北京100084,中国

电话:+86-10-62796439

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实验室网站:http://zhanglab.life.tsinghua.edu.cn/