孙之荣

孙之荣
孙之荣 博士生导师 教授

 

 

 

个人简历:

        1970年,清华大学获学士学位;
  1970年-1984年,清华大学自动化系任教从事教学和科研工作;
  1984年-现在,清华大学生命科学学院任教,教授,博士生导师。
  1992年-1993年,英国Birkbeck College 访问学者一年;
  1997年-1998年,美国UIUC访问学者三个月;
  2002年初,美国UCSD访问;
  2004年底,美国UGA访问学者一个月;
  2007年,加拿大SFU访问;
  2008年,作为领队带队清华大学iGEM大学生竞赛团队,赴美国MIT比赛及访问。
  目前主持清华大学生命科学学院生物信息学研究室的工作,并联合成立了跨系、跨学科的生物信息学研究所和教育部生物信息学重点实验室,任教育部生物信息学重点实验室常务副主任。
  开设的课程:生物物理(本科生,与隋森芳教授合讲),1994—2009年;功能基因组信息学和系统生物学(研究生),1999—2009年。

主要科研领域及方向:

        主要研究领域是基因组学、蛋白质组学与生物信息学、系统生物学。目前正围绕功能基因组信息学和系统生物学开展基础和应用研究。研究课题包括:从基因组到蛋白质组结构、功能的分子生物学遗传信息的多层次研究,以及从分子到细胞、到复杂疾病的综合分析的系统生物学研究。

目前实验室具有代表性的课题:

        基因转录、表达的组合控制的理论和合成生物学模型设计研究;
  表观遗传学与小RNA与转录调控研究;
  分子网络及Pathway系统生物学研究;
  几种常见肿瘤的分子标识谱以及Pathway层次上的肿瘤机理研究。
  科学基金:先后承担多项国家自然科学基金、3项次863高新技术项目基金、2项次973重大基础研究基金的支持。正在与中科院生物物理所、北京大学、军事医科院、医科院基础所、肿瘤所等单位开展密切的科研合作;和英国Cambridge University生化系、美国UCSD、美国MIT、Duke大学、加拿大SFU等建立了合作关系。

荣誉、奖励及参加学术团体的情况:

        1)基于序列的蛋白质功能研究 孙之荣,华苏军,张松,过涛,周云等,2008年教育部自然科 学二等奖。
  2)清华大学“纪念梅贻琦学术论文基础研究奖” 二等奖三次,2006、2007、2008年。
  3)清华大学基础科学研究奖,1998年。
  现任中国生物物理学会、中国细胞生物学会、中国生物化学学会会员;中国细胞生物学学会功能基因组信息学与系统生物学分会会长;北京系统工程学会理事;“生物化学与生物物理进展”、“生物物理学报”编委; editorial board of "Journal of Biomedicine and Biotechnology."

实验室代表论文:

        已先后在国内外学术期刊发表学术论文百余篇,其中SCI收录论文60余篇,论文被他人引用1000余次(google scholar版)。发表学术专著一篇,译著五篇。
 ·Hua SJ & Sun ZR*. (2001). A Novel Method of Protein Secondary Structure Prediction with High Segment Overlap Measure: Support Vector Machine Approach. J. Mol .Biol.,
308:397-407.
 · Hua SJ & Sun ZR*. (2001). Support Vector Machine Approach for Protein Subcellular Localization Prediction. Bioinformatics., 17:721-728.
 ·Hua SJ, Guo T, Gough J & Sun ZR*. (2002). Proteins with Class Alpha/Beta Fold Have High-level Participation in Fusion Events. J. Mol. Biol.., 320:713-719
 ·Zheng JS, Wu JJ, and Sun ZR* An Approach to Identify Over-represented Cis-elements in Related Sequences. Nucleic Acids Research. 2003, V31, N7, 1-11.
 ·Ji XL, Y Y, Li L, Li YD & Sun ZR*, HMMGEP: clustering gene expression data using hidden Markov models. Bioinformatics. 2004. Feb 26
 ·Zi Z, Cho KH, Sung MH, Xia X, Zheng J, Sun Z.R*., In silico identification of the key components and steps in IFN-gamma induced JAK-STAT signaling pathway. FEBS Lett. 2005 Feb 14;579(5):1101-8.
 ·Zhou Y, Wang R, Li L, Xia XF & Sun ZR* Inferring functional linkages between proteins from evolutionary scenarios 2006. J .Mol. Biol. 359(4):1150-9.
 ·Chen H1†, Xue Y 2†, Huang N1, Yao Xb 2* and Sun ZR1*. MeMo: A web tool for prediction of
protein methylation modifications. 2006. Nucleic Acids Research. 2006 Jul 1;34:W249-53.
 ·Hu Chen, Ni Huang and Zhirong Sun*, SubLoc: A Server/Client Suite for Protein Subcellular Location based on SOAP. Bioinformatics. 2006 Feb 1;22(3):376-7.
 ·Li Li, Yingwu Huang, Xuefeng Xia, Zhirong Sun*, Preferential Duplication in the Sparse Part of Yeast Protein Interaction Network. Mol. Biol. Evol. 2006. 23(12):2467-73.
 ·Wang J*, Huang B, Xia X, Sun Z*., Funneled landscape leads to robustness of cell networks: yeast cell cycle. PLoS Comput Biol. 2006 Nov 17;2(11):e147.
 ·Sun Z*,Luo J,Zhou Y,Luo J,Liu K and Li W. Exploring phenotype -associated modules in an oral cavity tumor using an integrated framework. Bioinformatics. 2009 Jan 29. 25(6):795-800.
 · Xia X, Zhang S, Su Y, Sun Z*. MICAlign: a sequence-to-structure alignment tool integrating
multiple sources of information in conditional random fields. Bioinformatics. 2009 Jun 1;
25(11):1433-4.

学术专著:

         蛋白质分子结构(阎隆飞,孙之荣) 1999年;
  生物信息学(李衍达,孙之荣)2000年;后基因组信息学(孙之荣)2002年; 
  探索:基因组学、蛋白质组学和生物信息学(孙之荣主译)2004年;
  生物信息学和功能基因组学(孙之荣主译)2006年;
  系统生物学哲学基础(孙之荣等译)2008年。

 

联系方式:

  通信地址:清华大学生命科学学院
  电话:+86-10-62772237  
  E-mail:该Email地址已收到反垃圾邮件插件保护。要显示它您需要在浏览器中启用JavaScript。
  Web:
http://www.bioinfo.tsinghua.edu.cn/Sunlab/index.html